En el 5º Congreso celebrado el 17 de Marzo de 2006, se eligió al Secretario General y a los/as miembros de la Comisión Ejecutiva. Se modificó el articulo referente a la composición de la Comisión Ejecutiva, teniendo derecho a dos miembros en la misma, la sección Juvenil "Alternativa 21", los cuales serían de libre elección.

En la primera reunión de la Comisión Ejecutiva se aprobó el siguiente organigrama: 

-         Secretario General: Iván Chaves

-         Vicesecretario General: Alberto Núñez

-         Secretario de Organización: José Antonio Saiz

o       Vocal Organización: Pablo Martín

-         Coordinador de política general, relaciones institucionales y desarrollo autonómico: José Antonio Alarcón

-         Coordinador de política Municipal: Juan Luis Aróstegui

-         Secretario de Comunicación: Antonio Campoamor

SECRETARÍAS

-         Educación, Culturas y Deporte: Joaquín Guzmán

-         Urbanismo y Medio Ambiente: Concha Bernet

o       Vocal Medio Ambiente: Armando Guerrero

-         Economía y Empleo: Alberto Núñez

o       Vocal de Empleo: Alejandro Parodi

o       Vocal de Transporte y Turismo: Emilio Postigo García

-         Política Social e Igualdad de Oportunidades: José Antonio Saiz

o       Vocal Área de la Mujer: Natividad Robles

o       Vocal Inmigración: Mustafa Shaib

o       Vocal Asuntos Sociales: Manuel Ortega

-         Movimientos Sociales: Antonio Vázquez

o       Relaciones Sindicales: José Ángel Ocaña

o       Asociaciones de Vecinos: Abselam Mohamed

-         Juventud: Emilio José Postigo (Secretario General de Alternativa 21)

o       Vocalía Juventud: Alternativa 21